Sejarah perjalanan Program Studi Magister Ilmu Hukum UGM Kampus Jakarta dimulai sejak tahun 2001. Saat itu keberadaannya masih sebagai bagian dari Program Studi Magister Hukum Kampus Yogyakarta, yang menginduk pada Program Studi Magister Ilmu Hukum Universitas Gadjah Mada berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 547/DIKTI/Kep/1996 tentang Pembentukan Program Studi Magister Ilmu Hukum pada Program Pascasarjana Universitas Gadjah Mada tertanggal 11 Desember 1996.

Pada tahun 2009, sehubungan dengan diterbitkannya Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 30 Tahun 2009 tentang Penyelenggaraan Program Studi di Luar Domisili Perguruan Tinggi yang memberikan teknis panduan penyelenggaraan program studi di luar domisili. Pengelola pada saat itu kemudian mengajukan izin pendirian program studi, yang pada tanggal 12 Mei 2011 dikeluarkanlah Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 102/E/O/2011 tentang Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Hukum (S2) pada Universitas Gadjah Mada di Jakarta Selatan. Surat Keputusan ini yang kemudian menjadi landasan hukum operasional Program Studi Magister Ilmu Hukum UGM Kampus Jakarta.

Pada tahun 2013, dengan merujuk pada Peraturan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 1 Tahun 2006 tentang Pemberian Kewenangan kepada Empat Perguruan Tinggi Badan Hukum Milik Negara untuk Membuka dan Menutup Program Studi pada Perguruan Tinggi yang Bersangkutan, yang salah satu di antaranya adalah Universitas Gadjah Mada, maka perpanjangan izin program studi sebagai kampus di luar domisili yang berakhir pada tanggal 12 Mei 2013, diperpanjang oleh kampus induk, yaitu Universitas Gadjah Mada melalui Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada Nomor 380/P/SK/HT/2013 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Hukum (S2) di Luar Domisili pada Universitas Gadjah Mada di Jakarta Selatan, tertanggal 12 Mei 2013.

Penyelenggaraan Program Studi Magister Ilmu Hukum di Jakarta dimulai pada tahun ajaran 2001/2002, yang berlangsung di Gedung Bank Bumi Daya Plasa, Jalan Imam Bonjol, Jakarta Pusat dengan jumlah mahasiswa sebanyak 60 peserta. Sejalan dengan peningkatan jumlah mahasiswa, tempat penyelenggaraan dipindahkan ke Gedung Patra Jasa, Jalan Jenderal Gatot Subroto, Jakarta Selatan dari tahun 2002 hingga tahun 2010. Sehubungan dengan selesainya pembangunan Gedung UGM Kampus Jakarta, maka sejak tahun 2010 hingga saat ini, penyelenggaraan Program Studi Magister Ilmu Hukum UGM Kampus Jakarta berpindah ke Gedung UGM Kampus Jakarta, Tower B, Lantai 3, Jalan Dr. Sahardjo Nomor 83 Manggarai, Tebet, Jakarta Selatan.